Služba Fulfillment by Amazon (FBA) přináší prodejcům celou řadu výhod.  Nejenže se nemusí starat o uskladnění produktů ani o odeslání jednotlivých objednávek zákazníkům, navíc tím zvyšují šanci úspěšných prodejů. Tato služba ale není zadarmo a Amazon si za ni účtuje tzv. fulfillment a storage fees.

Fulfillment fee rozumíme poplatek za uskladnění produktu a služby spojené s přebalením zboží, jeho odesláním v závislosti na typu balení, rozměrech a váze. Výše poplatku je závislá na zemi, ve které se produkt prodá.  

Storage fee je měsíční poplatek za uskladnění zboží v FBA skladu na m3 (v UK na kubickou stopu), který je účtován od druhého měsíce uskladnění. Tzn., pokud pošle prodejce produkt do FBA v září a daný měsíc se neprodá, je tento poplatek účtován až v říjnu. Výše poplatku se liší podle měsíce uskladnění na dvě skupiny: leden-září, říjen-prosinec.

Pro ještě větší kvalitu a rychlost služeb spojenou s FBA Amazon od léta 2017 sjednocuje a navyšuje tyto poplatky, a to o několik centů na produkt.Nově budou poplatky účtovány také za produkty z kategorie média (knihy, hudba, DVD, VHS, videohry, software).

Další výraznou změnou, platnou od 23. 10. 2017 je zavedení tzv. returns processing fee. Jedná se o poplatek za vratkové zboží kategoie oděv a obuv. Ten nebude prodejcům účtován, bude-li se jednat o vrácení z důvodu, za který nese zodpovědnost Amazon.

Změna výše poplatků je popsána na následujících příkladech.